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DIVERS

• vegan : tout un tas d'outils pour l'écologie des communautés
• ecodist : avec la fameuse fonction crosstab (table amélioré et beaucoup plus rapide) pour créer les matrices de présence ou d'abondance d'espèces
• ade4 : analyses multivariées
• plyr :  collapse high-dimensional arrays to simpler summary statistics (e.g. merge a list of data frames to a single data frame: ldply(mylist, data.frame))

PHYLOGENY

• ape, geiger, picante, ade4, adephylo, phylobase, diversitree  : analyses phylogénétiques

CLUSTERING

• cclust, mclust, fpc, vegan, ade4 : cluster analysis
• pvclust : pour les mordus de 'clustering', un nouveau venu qui concentre l'essentiel et plus.....Attention uniquement sur une base 'hclust'
• clValid : teste plusieurs méthodes de clustering avec divers index

SPATIAL ANALYSIS/GAP ANALYSIS

• maptools, spatstat, sp, spdep, mapproj : spatial data management
• adehabitat : utile pour gérer les maps arcgis
• rgdal, raster : gestion des données spatiales
• lga : the 'gap' function perform a gap analysis
• GapAnalysis
• gpclib : polygons
• PBSmapping : calculs et manips spatial
  

     Some functions:

          spatialsample {BiodiversityR} : spatial sampling within a polygon

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