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RECHERCHE OPTIMISÉE SUR LE NET

 

http://www.rseek.org/

 

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TÉLÉCHARGEMENT, FORUM

 

http://www.r-project.org/ (dernières versions, packages)

http://forums.cirad.fr/logiciel-R/search.php (Forum)

 

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POUR DÉBUTER

 

http://cran.r-project.org/doc/contrib/IceBreak_fr.pdf (installation, langage, programmation et surtout conventions! chapitres courts à lire absolument)

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_fr.pdf (une référence !)

http://biol09.biol.umontreal.ca/BIO2041e/GuideMacTextWranglerR.pdf (special Mac OS users mais aussi Windows)

http://www.math.univ-toulouse.fr/~sdejean/PDF/semin-R.pdf (un petit diaporama)

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Verzani-SimpleR.pdf

http://biol09.biol.umontreal.ca/BIO2042/Marie/Info_0_Intro_R.pdf

http://cran.r-project.org/doc/contrib/R_language.pdf (language R)

 

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf (Memento commandes R)

 

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SITES GÉNÉRAUX

 

          http://rug.mnhn.fr/semin-r/(les séminaires du mnhm, un peu de tout)

http://zoonek2.free.fr/UNIX/48_R/all.html (un peu de tout, des stats et de l'utilisation générale de R : programmation... graphiques)

http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.html (intro et plus, manipulation data)

http://cran.r-project.org/doc/contrib/usingR.pdf (manuel)

http://pj.freefaculty.org/R/Rtips.html (Un amalgame de plusieurs trucs simples et pratiques pour fonctionner dans R)

 

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MANIPULATION DE DONNÉES

 

To reshape data

http://had.co.nz/reshape/paper-dsc2005.pdf

 

To work with spatial Data

http://cran.r-project.org/web/views/Spatial.html (list of R packages)

http://www.r-project.org/conferences/DSC-2003/Drafts/Bivand.pdf

 

http://framabook.org/16-r-et-espace/ (« R traitement de l’information géographique », du groupe ElementR, version numérique libre)

 

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GRAPHIQUES

 

http://rgm3.lab.nig.ac.jp/RGM/R_image_list?page=2716&init=true (R graphical manuel)

http://research.stowers-institute.org/efg/R/ (galerie graphique)

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Harrell-statcomp-notes.pdf (notes intéressantes sur les graphs : quoi représenter quand et comment)

http://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RGraphics/rgraphics.html (graphs avec code et preview et paramètres de base commes les marges)

http://laterrevuedailleurs.fdn.org/fr/boulot/enseignement/logiciel_r__statistique__en_biologie/r2_prof.pdf (td)

http://cran.r-project.org/doc/contrib/grafi3.pdf (en espagnol)

 

http://pbil.univ-lyon1.fr/members/lobry/tmp/diaposcam.pdf (les méfaits du camembert !)

 

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STATISTIQUE AVEC R

 

         biol09.biol.umontreal.ca/BIO6077/Travaux_pratiques_en_R.pdf (un super manuel assez vaste: regression, multivarié, distances, classifications...)

 

 

Tests d'hypothèse

http://www.biostat.envt.fr/spip/IMG/pdf/Une_introduction_au_langage_R.pdf (tests, anova)

 

Régressions et anova

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Ricci-refcard-regression.pdf (R fonctions for regression analysis)

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Farnsworth-EconometricsInR.pdf (all types of regressions)

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Faraway-PRA.pdf (régressions et anova)

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Vikneswaran-ED_companion.pdf (design experimental, anova, contrastes...)

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Baron-rpsych.pdf (manuel pour les psy mais intéressant)

http://www.aliquote.org/articles/tech/contrasts.html (contrastes)

http://www.aliquote.org/cours/2006_cogmaster_A4/cours/05_comp_mult.pdf (contrastes, comparaisons multiples)

 

Clusters

http://www.statmethods.net/advstats/cluster.html 

http://wiki.math.yorku.ca/index.php/R:_Cluster_analysis

 

R et la biologie

http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignement.html (ADE4 et fiches td biologie)

http://www.prabi.fr/spip.php?article138 (cours sous ADE4 avec R)

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Seefeld_StatsRBio.pdf (manuel général avec des exemples de biologie)

http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/coursBEM (cours licence lyon : très bon!!!, GRAPHES DE BASE!)

 

R et l'écologie

http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/ (De la manipulation de données aux analyses multivariées diverses en écologie)

 

R et la Génétique

http://adegenet.r-forge.r-project.org/ (page tutorial de adegenet, package R pour l'analyse génétique des données)

 

         R et phylogénies

          à mettre à jour

 

Stats (pas sous R)

http://www.itl.nist.gov/div898/handbook/eda/section3/eda366.htm (galerie distributions)

http://www.itl.nist.gov/div898/handbook/quantgal.htm (galerie de tests)

http://eric.univ-lyon2.fr/~ricco/cours/supports_data_mining.html (cours stats data mining)

 

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POUR ALLER PLUS LOIN

R et C

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Farnsworth-EconometricsInR.pdf

 

Construire des packages 

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Wang-WinBook.pdf (installation, utilisation EMACS+ESS, construction packages...)

 

Latex et R : sweave (reproduction des analyses et rapports)

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Harrell-statcomp-notes.pdf (quelques notes parmi le reste)

 

          Parallélisation

          http://www.matthewckeller.com/html/parallelization.html

 

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